我們知道，循環(huán)水養(yǎng)殖環(huán)境中，由于養(yǎng)殖密度過大并持續(xù)投料，水中的有機(jī)物會(huì)快速積累。有機(jī)物在細(xì)菌的作用下逐級分解。氨、亞硝酸鹽、硝酸鹽等可溶性物質(zhì)濃度快速上升。其中，氨及亞硝酸鹽會(huì)抑制水生動(dòng)物的呼吸，造成鰓部發(fā)紅、游塘、偷死等癥狀。不及時(shí)得到解決，往往會(huì)造成魚蝦的大量死亡。因此，不管是外塘還是室內(nèi)循環(huán)水養(yǎng)殖，無機(jī)氮元素的去除都是一個(gè)重要的環(huán)節(jié)。
    工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖中，如果水源充足，可以加大換水量來稀釋氨氮及亞硝酸鹽的濃度。但既然是室內(nèi)循環(huán)水養(yǎng)殖，就存在著反季節(jié)生產(chǎn)或水源緊缺等客觀限制。如果換水量過大，則對水體加熱或制冷的成本會(huì)升高。同時(shí)，大量換水會(huì)導(dǎo)致魚蝦的應(yīng)激反應(yīng)，進(jìn)而造成魚蝦生病。為了防止以上情況發(fā)生，我們應(yīng)著重通過生物過濾的辦法來去除氨氮和亞硝酸鹽。我們在一些文章中已經(jīng)探討過水體中的氮循環(huán)。有機(jī)氮主要是以蛋白質(zhì)、肽、氨基酸等形式存在。這些物質(zhì)都是魚蝦生長所必需的能量物質(zhì)。在經(jīng)魚蝦的消化吸收后，變?yōu)榘焙蛠喯跛猁}。另外，水體中會(huì)有多投的餌料、死亡的藻類、菌類等等。這些有機(jī)物需要在微生物的作用下進(jìn)行轉(zhuǎn)化分解。擔(dān)當(dāng)這一使命的，往往就是乳酸菌、芽孢桿菌、枯草桿菌等分解細(xì)菌。此時(shí)，水質(zhì)會(huì)發(fā)生微妙的變化。因?yàn)樗杏袡C(jī)酸增多，水體的PH值下降。    
    進(jìn)一步地，當(dāng)水體中的氨等物質(zhì)越來越多的時(shí)候，由于氨水解后呈現(xiàn)堿性，所以水體的PH值會(huì)逐步上升。當(dāng)氨濃度上升以后，水中的亞硝化細(xì)菌與硝化細(xì)菌將參與進(jìn)來。會(huì)將氨與亞硝酸鹽分解成對魚蝦***的硝酸鹽。硝酸鹽易被藻類或植物吸收。這樣如果養(yǎng)殖池中有合適的藻種，則在其它環(huán)境變量的支持下，水中的藻類開始大量繁殖。開始新一輪的循環(huán)。